消毒工作是畜禽传染病防控的主要手段之一。消毒的方法多种多样，如物理方法、化学方法、生物学方法等，化学方法生产中比较常用，需要化学药物(消毒药物)才能进行。保证良好的消毒效果，必须注意如下方面：
1. 选择消毒药物要准确和注重效果
根据消毒对象和消毒目的准确地选择消毒药物。如要杀灭病毒，则选择杀灭病毒的消毒药；如要杀灭某些病原菌，则选择杀灭细菌的消毒药。许多情况下，还要将杀灭病毒和细菌甚至真菌、虫卵等几者兼顾考虑，选择抗毒抗菌谱广的消毒药，这样才能做到有的放矢。如对禽舍周围环境和道路消毒，可以选择价廉和消毒效果好的碱类和醛类消毒剂；如带禽消毒，应选择高效、无毒和无刺激性的消毒剂，如氯制剂、表面活性剂等。同时，还应考虑是平时预防性的，还是扑灭正在发生的疫情，或周围正处于某种疫病流行高峰期而本养殖场受到威胁时的消毒，以此来选择药物及稀释浓度，保证消毒的效果。
2. 药物的配制和使用的方法要合理
目前，许多消毒药是不宜用井水稀释配制的，因为井水大多为含钙、镁离子较多的硬水，会与消毒药中释放出来的阳离子、阴离子或酸、碱离子发生化学反应，从而使药效降低。因此，在稀释消毒药时一般应使用自来水或白开水。
3. 药物应现用现配
配好的消毒药应一次用完。许多消毒药具有氧化性或还原性，还有的药物见光遇热后分解加快，须在一定时间内用完，否则，很容易失效而造成人力物力的浪费。因此，在配制消毒药时，应认真根据药物说明书和要消毒的面积来测算用量，尽可能将配制的药液在完成消毒面积后用完。稀释好的药液不宜久存，一般当天用完为好。
4. 消毒前先清洁
先将环境清洁后再进行消毒，这是保证消毒效果的前提和基础，因为畜禽的排泄物、分泌物、灰尘、粪便和污物等有机物，不仅可阻隔消毒药，使之不能接触病原体，而且有机物还能与许多种消毒药发生化学反应，明显地降低消毒药物的药效。
5. 必须注意消毒药的理化性质
(1)注意消毒药的酸碱性。酚类、酸类两大类消毒药一般不宜与碱性环境、脂类和皂类物质接触，否则明显降低其消毒效果。反过来，碱类、碱性氧化物类消毒药不宜与酸类、酚类物质接触，防止其降低杀菌效果。酚类消毒药一般不宜与碘、溴、高锰酸钾、过氧化物等配伍，防止发生化学反应而影响消毒效果。
(2)注意消毒药的氧化性和还原性。氧化物类、碱类、酸类消毒药不宜与重金属、盐类及卤素类消毒药接触，防止发生氧化还原反应和置换反应，不仅使消毒效果降低，而且还容易对畜禽机体产生毒害作用。
(3)注意消毒药的可燃性和可爆性。氧化剂中高锰酸钾不宜与还原剂接触，如高锰酸钾晶体在遇到甘油时可发生燃烧，在与活性炭研磨时可发生爆炸。
(4)注意消毒药的配伍禁忌。重金属类消毒药忌与酸、碱、碘和银盐等配伍，防止沉淀或置换反应发生。表面活性剂类消毒药中，阳离子和阴离子表面活性剂的作用互相抵消，因此不可同时使用。表面活性剂忌与碘、碘化钾和过氧化物等配伍使用，不可与肥皂配伍。凡能潮解释放出初生态氧或活性氯、溴等的消毒药(如争氧化剂、卤素类等)，不可与易燃易爆物品放在一起，防止发生意外事故。
(5)注意消毒药的特殊气味。酚类、醛类消毒药由于具有特殊气味或臭味，因而不能用于畜禽肉品、屠宰场及其加工用具的消毒。
6. 消毒药应定期更换
使用任何消毒药，在一个地区、一个畜禽场都不宜长期使用。因为动物机体对几乎所有的药物(当然包括消毒药)都会产生耐药性。长期使用单一的消毒药，容易使动物体内及饲养场内外环境中的病原体由于多次频繁地接触这种消毒药而形成耐药菌株，其对药物的敏感性下降甚至消失，使药物对这些病原体的杀灭能力下降甚至完全无效，致使疫病发生和流行。
7. 保证人畜安全
(1)强酸类、强碱类及强氧化剂类，对人畜均有很强的腐蚀性，因此，在使用这几类消毒药消毒过的地面、墙壁等最好用清水冲刷之后，再将动物放进来，防止灼伤动物(尤其是幼畜)。
(2)凡实施熏蒸消毒时，其产生的消毒气体和烟雾，均对人畜有毒害作用，熏蒸后遗留的废气，对人畜的眼结膜、呼吸道黏膜均会造成伤害，故必须将废气彻底排净后，方可放进畜禽；带畜禽消毒时不宜选择熏蒸消毒。
(3)凡有毒的消毒药均不能进行饮水消毒。用作饮水消毒的消毒药其配制浓度要准确。能用作饮水消毒的消毒药主要有卤素类、表面活性剂和氧化剂类等几类消毒药中的大部分品种。但其配制浓度很重要，浓度高了则会对动物机体造成损害或引起中毒，浓度低了起不到消毒杀菌的作用。
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